清道光22年（1842）清朝政府與英國簽訂南京條約，開放五口通商口岸，除了帶來繁榮的貿易交流，英國倫敦基督長老教會也藉此積極展開佈道工作。清光緒22年（1896），英國倫敦教會前來金門傳道，在沙美、西園、後浦前後設立會所，提供奉教者禮拜、集會。民國34年（1945）中日戰爭結束後，僅剩後浦存有禮拜堂供教友聚會，民國35年（1946），來自新加坡的賀有三牧師為恢復金門東半島之教會空間，至南洋各地籌款興建，募得叻幣共7,198元，由黃學哲傳道兼任督工，隔年沙美基督長老教會完工。民國47年（1958）牧師樓因八二三砲戰之砲彈毀損，其間有經過修繕恢復。民國92年（2003）沙美基督長老教會及牧師樓登錄為歷史建築。金門縣補助私有歷史建築修復工程，已於114年5月竣工。