日治時期，為便利統治臺灣人民而施行殖民教育政策，以其普遍發展鶻民教育，故在1898年（明治三十一年）7月28日公布「臺灣公學校令」，而後在今原臺南縣境內設立初等普通教育學校88所。 菁寮國小前身為日治時期的「菁寮公學校」，1911年（明治四十四年）2月24日核准設立，初期於菁寮區役場南鄰以竹造毛屋搭建臨時教室，同年4月15日開始授業。其後地方民眾集資於現址興建校舍，於1911年（明治四十四年）6月18日動工，10月11日竣工。1941年（昭和十六年）4月1日改稱「菁寮國民學校」，二戰後，1946年（民國三十五年）改稱「後壁鄉第二國民小學」，1968年（民國五十七年）改稱「菁寮國民小學」沿用至今。 日治時期升旗臺位於校內操場旁，為1931年（昭和六年）9月興建，其中鐵製旗竿因二戰末期因日軍物資缺乏而鋸斷，改用木製旗竿。禮堂興建於1951年（民國四十年）2月，為磚木造一成樓建築物，稱為「中正堂」，主要作為集會及室內活動場所。辦公室建於1956年（民國四十五年），也是磚木造建築物，為菁寮國小昔日的辦公室。