1898年（明治三十一年）7月28日，為發展國民教育（初等普通教育）公佈「臺灣公學校令」，而後臺灣各地相繼設立公學校，其中即為今臺南市內設立臺南第二公學校（後改為寶公學校）等十四所公學校及一處分校，直至1941年（昭和十六年）第二次修改「臺灣教育令」，改名「寶國民學校」。 1898年（明治三十一年）9月30日設立「臺南第二公學校」，最初以西門外水仙宮原三郊本部三益堂（今水仙宮後之永樂市場處）作為第二公學校的校舍，曾因空間不敷使用，作為女子部分教室。至1909年（明治四十二年）已更選德慶溪北十八洞街（清代軍工道廠，俗稱「大廠」的遺址）建校舍（即今學校所在地），1911年（明治四十四年）1月15日完竣，並將男學童轉移到新校舍上課。 1935年（昭和十年）因學童增加，陸續增建校舍、借用三山國王廟為教室，加上校舍狹隘容易積水，為求一勞永逸動工新建校舍，乃於1938年（昭和十三年）竣工。 二戰末期遭受盟軍轟炸，寶公學校僅本館保存較完整，改稱忠孝樓；1946年（民國三十五年）2月校名改稱「臺南市北區第一國民學校」，1947年（民國三十六年）二月則改稱「臺南市北區立人國民學校」。學校除沿用街道「立人街」的名稱外，乃孔子闡明「推己及人」的仁道思想，以「立人」為校名，更能彰顯學校作育英才，期許人人皆能卓然有成，昂然自立的教育宗旨。 1968年（民國五十七年）8月實施九年國民義務教育之時，校名改稱「臺南市北區立人國民小學」，沿用至今。 後於1992年（民國八十一年）改建立人館，相繼設立新校舍，成現今校園規模。此外，原寶公學校昔日用以存放天皇「教育敕語」的「奉安箱」，更是見證本校歷史與臺灣近代教育發展史的珍貴文物史料。