菁桐車站位於菁桐街上，其路線原為台陽礦業株式會社為搬運煤碳所設立的鐵路路線，於大正八年（1919年）開始施工，大正十年（1921年）七月開始正式營運，昭和四年（1929年）臺灣總督府鐵道部買下除了專運煤碳以外的路線，並於同年興建菁桐車站。昭和十年（1939年）以後，平溪鐵道收歸國營。 民國五十八年（1969年），煤礦業興盛時期，臺鐵於菁桐車站旁興建三座員工宿舍以利值班人員之需，後因煤業逐漸沒落、人口外流，民國七十六年（1987年）以後，煤礦停採，載運量銳減，菁桐車站被降為乙種簡易站，僅剩站務員一人，在民國八十三年（1994年）徹底整修過後，於民國九十二年（2003年）五月一日被指定為縣定古蹟（今新北市市定古蹟）。