過港第三隧道建於大正9（1920）年，以苗栗一帶磚廠製造的紅磚砌拱，民國62（1973）年鐵路電氣化後廢棄。第二隧道南口出來後，走一小段路即可抵達第三隧道，第三隧道只有短短56.4公尺，因此成為最早完工的隧道。

在廢棄後，第三隧道曾如第二隧道般為當時附近的農人所佔，作為休憩兼倉儲之所，當時農人曾用鐵板遮住北口洞口的一半，以阻擋強烈的海風。而南口可說是最完整的洞門，洞口左側尚留有隧道標的遺跡，只是字跡早已掉落。第二張照片是大正10（1921）年1月號的第三隧道南口遠景，由此隧道南口北望，景色與舊山線連續隧道群頗相似。