澎湖廳憲兵隊位在馬公市「澎湖天后宮」西鄰，原址在清康熙23年（1684）將台灣澎湖收入版圖後，曾被闢為澎湖水師協鎮（副將）署，清法澎湖之役後改以總兵駐防澎湖，協鎮署因此在光緒15年（1889）改為通判衙門。日治之後通判衙門改為澎湖島憲兵分隊隊址，民國34年（1945）國軍接收後，先將憲兵隊營區撥交澎湖防衛司令部運輸組使用，到民國47年（1958）為因應「八二三」金門砲戰的新局勢，改組為馬公港口指揮部。 根據文獻記載，協鎮署的整體格局坐北朝南，北以一座海拔約12公尺的土丘為靠山，南濱馬公灣。在清乾隆時期正面的主建築有「大堂一座三間，大堂前為頭門，頭門前周圍木柵，東西轅門各一，轅門內竪旗二枝，東西鼓吹亭各一間」，大堂以內則有後堂、東西案房、左右護房、花廳、管班房、官廳、厨房等房舍及箭亭、馬房等軍用設施。光緒15年(1889)將協鎮署改為通判衙門時，只對基地上的原有屋舍做一些必要的修繕，並在署旁增建監房及化善所各一處；而本來建在文澳舊廳署右側的「陰陽堂」，也在這時候被一併遷建到新廳署的西南角。一直到日治時期澎湖島憲兵隊進駐之初，通判署內的建物配置都沒有太大的變動。 昭和6年（1931）憲兵分隊將舊有廳舍拆除改建，新建的建築之中除了L形的大廳、及武道廳樓下的倉庫使用混凝土加鋼筋構築之外，武道廳本身、馬房、辦公廳、及6棟宿舍都是和式風格的木造建築；昭和16年（1941）在基地北側的土丘邊坡興建2座防空洞，供憲兵及其軍屬躲避空襲之用。二戰後初期，澎防部運輸組除了繼續使用這些接收的日軍營舍之外，也曾應部隊人數的增加而增添了一些厨房、廁浴等建築，並且將營區西北側的兩棟日式宿舍闢為「女青年之家」。民國47年（1958）金門砲戰爆發之後，軍方不但將運輸組改編為港口指揮部，也增建了餐廳及L形大廳後面的地下戰堡，來增加支援金門前線的運補功能。而營區北側的土丘則因為劃交給空軍防砲部隊接管，而增建了防空砲座等設施。 民國62年（1973），縣政府將港指部北側到天后宮之間的土丘剷平，並拆除位於土丘南側的兩棟日式宿舍，來闢建民族路南段。港指部L形廳的東端因此被削去一小部份，而改用空心磚來填補鄰接道路的牆體；原來位在東南角的營區大門（面向南方）也被剷除，而改在路邊開設了一座面東的大門及左右兩座哨崗。民國84年（1995）L形大廳西北側的兩棟日式宿舍又因為老舊漏雨而被拆除，改建為一棟兩層的鋼筋混凝土構造的寢室大樓。民國89年（2000），縣政府將港指部營區及其北側土丘一併變更地目為「社教用地」，兩年後又將港指部登錄為歷史建築；到民國93年（2004）軍方將港指部及其北側土丘移交給縣政府，以便進行歷史建築保存、再利用的整體規劃。