鄭氏時期各營鎮分地開墾，當一地形成聚落時便以營鎭或將領的名稱作為地名，而「鹽水鎮」有大龜肉庄聚落，為在臺南縣的屯墾區之一，稱「舊營」。1684年（清康熙二十三年）清領有臺灣後，「大龜肉庄」改稱「大奎壁庄」。該地瀕臨倒風内海而形成汊港「鹹水港」，因其有通船之便，成為貨運轉運站，又是諸羅與府城間往來必經之地，人口聚集發展成鹹水港街。 鹹水港亦稱「鹽水港」，其東、西、南三面環水，港道縱橫交錯似弧形灣月，有「月津」、「月港」雅稱，且有「一府、二鹿、三艋舺、四月津」稱頌其清朝中葉的繁榮景象。 「聚波亭」於月津港三面水流匯集處，西側形成水灣，景色壯麗有「聚波漁火」美稱，為月津八景之一。然1835年《福建通志》：「鹽水港淤塞，舟楫難通」港遂失其能，其景走入歷史。 地方相傳「聚波亭」為鄭氏時期（1661年至1683年）鄭氏部將何積善所建，大眾廟臨月津港，昔日為碼頭而西側建涼亭，供商旅休息。後因港口功能漸失，原供奉於船隻為護航海之神，移至聚波亭。1741年（清乾隆六年）當地建廟，以「聚波亭」為廟名，亦稱「大眾廟」。 本廟主祀唐朝將軍雷萬春「雷府大將」，地方習稱「大將爺」，又有「月港聚波亭」、「聚波亭大眾廟」等。創建說法多指向1741年（清乾隆六年），據廟内留存的1934年（昭和九年） 〈聚波亭重新改筑石碑記〉所述「我月港聚波亭，自前清時代乾隆六年本廟重興」〈重興聚波亭碑記〉，應為1741年（清乾隆六年）本廟重興時所題。 1741年（清乾隆六年）前的聚波亭為「休閒兼祭祀空間」，改建重興後為祀神之廟宇建築。在此後也經歷多次修葺，現正殿三川門對聯「大節茍虧焚香奚益，眾生無愧不拜何妨」，即是鹽水望族葉家葉瑞西所題，由於寓意深遠，深具醒世教化意義，故該對聯的內容一直沿用至今。 歷來相繼增祀各種職能的神祇。如今也是座綜合型廟宇，成為自然崇拜及儒、釋、道等多神的大眾廟，屬臺灣大眾爺信仰中少見。