原南門尋常小學校成立於1915年（大正四年）4月1日，開始是以「臺南第二尋常高等小學校」之名申請設立，為日本人子女專用之學校，創校校長為平井寬，暫時借用第一尋常高等小學校充當臨時校舍，開始授業上課。 1916年（大正五年）6月26日現址新建校舍第一期工事落成。1919（大正八年）年5月1日新建校舍第二、三期工事竣工，至1921年（大正十年）第四、五期校舍工事完工。在1923年（大正十二年）3月收購校舍前的土地而擴建為庭院，至1925年（大正十四年）8月闢建運動場。至此，學校規模大致完成。 1921年（大正十年）4月1日臺灣總督府頒行新的教育制度，校名從「臺南第二尋常高等小學校」改稱「南門尋常小學校」， 1934年（昭和九年）增設高等科，校名再度改為「南門尋常高等小學校」。及至1941年（昭和十六年）學制改革，校名再次改稱「南門國民學校」。 戰後，臺南市政府於1945年（民國三十四年）12月24日正式成立，以日治時期的臺南市役所為辦公廳舍，但當時的市役所殘破不堪、空間不敷配用，所以與南門國民學校對換。從1946年（民國三十五年）1月南門國民學校原校舍作為臺南市政府，直至1969年（民國五十八年）10月3日臺南市政府撥交建興國民中學。 1967年（民國五十六年）11月15日奉省政府核准籌設建興國中，以當時市府舊址作為建校用地，1969年（民國五十八年）10月3日，臺南市政府將原有辦公廳舍移交該校使用，原南門尋常小學校時期的建物，除「原南門尋常小學校舍」仍留存，木造教室與講堂皆已拆除重建，而成今日之校園景觀。