深耕圳的開築年份的尚不能確定，但在清嘉慶年間（1796-1820）深耕堡就有開築廣興圳和新耕圳，而深耕圳在清領時期灌溉深耕堡轄區內所有的農田，因此有可能深耕圳就是廣興圳和新耕圳，加上其他灌溉深耕堡的圳統稱為深耕圳。在日治時期也被納入「臺灣公共埤圳」，大正12年(1923)臺中州廳將永基圳、深耕圳、莿仔埤圳等公共埤圳合併設立「北斗水利組合」。 深耕圳後發展有一圳、二圳、三圳。在集集攔河堰完成之前，深耕圳水的來源是在自強大橋引濁水溪水，但現在則是由莿仔埤圳所供給永基圳，再供給深耕圳。永基圳來到新廣村新庄子後分為南北二線，因此南線沿濁水溪堤防邊至自強大橋接原來的深耕圳，現在深耕圳的範圍應從新庄子算起，因為是受永基圳的供給。九塊厝的居民就是深耕圳來灌溉，對於他們來說就是母親河。