鹿港南靖宮創建於乾隆48年（西元1783年），可由「鹿港南靖宮沿革碑」碑文記載得知。主祀神為由中國福建省漳州府南靖縣移民所奉請而來的關帝爺，除祈求其庇佑居民平安渡海外，也祈求商業興隆。鹿港早期的移民多來自泉、漳、潮、廈等地，各自聚集村落，又因受到移民宗親或姓氏的影響，分別興建了屬於自己社群的廟宇，有各自的信仰，於是鹿港就形成了許多不同的生活圈，這群主要來自中國福建省漳州府的南靖縣民，以從事貿易者為多，昔時南靖從商的人士，咸稱為「廈商」，南靖宮即由鹿港地區的廈商建立，充分見證了清領時期漳州人自中國原鄉移民鹿港的史事。南靖宮初期的空間狹窄，不敷眾人使用，後在嘉慶5年（西元1800年）擴建，道光20年（西元1840年）廈郊人捐款重修。而在乾隆道光年間，閩客與漳泉為爭奪地盤而械鬥頻繁，使原本定居在彰化平原的漳洲人與客家人，在械鬥中不敵人多勢眾的泉州人而被迫遷移他處，鹿港南靖宮雖然座落昔日繁華的埔頭街上，但是盛況已經不復往昔，目前居住在此處之居民則多數已非漳州人，而依方言或祖籍為基礎結合的人群，對其共同信仰鄉土神所興建的南靖宮，因祭祀群眾寥少而逐漸沒落，但南靖宮仍舊保有其在鹿港發展歷史上的特殊地位，其價值不容忽視。 　　 民國58年（西元1969年）由地方商賈出資整修後殿，後因經費不足，前殿由高雄三寶宮出資整修，修建歷時二年完成，今日所見的南靖宮為民國60年（西元1971年）重修後之面貌，落成完工當時亦曾舉行繞境平安入宮安座紀念慶典，其信徒代表以鹿港、福興、秀水及旅居外地之本籍人士為主。其信徒組織及活動與闔港廟及角頭廟相較之下，誠屬於小型寺廟、活動力較弱的闔港廟之一。南靖宮於民國89年（西元2000年）經彰化縣政府指定為縣定古蹟，民國92年（西元2003年）進行重修，翌年民國93年（西元2004年）7月竣工。