同治元年(1862年),淡水開設海關,正式收稅,並建設關署區、長官官邸、碼頭區,其中碼頭區主要集中於滬尾街河岸。明治二十八年(1895年)日治時期陸續於碼頭區進行多項建設工程,包含碼頭填土工程,並沿河岸興建淡水稅關檢查廠,碼頭基地現存之二棟磚造倉庫亦約為大正十四年至昭和五年(1925年~1930年)間興建。 戰後,由軍方接收碼頭區中的淡水稅關第二檢查場,淡水海關碼頭區並於民國八十九年(2000年)公告為古蹟。
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