臺南人。曾入選第一、三至六回府展（1938、1940-43）西洋畫部，畫作簽名為直書「方昭然」。方昭然的父親方祖繩自清末起便負責管理孔廟，日人治臺後又擔任保正，並曾與呂璧松等人被列為臺南的「能畫者」。據《臺灣日日新報》報導，居住在孔廟的方昭然於1936年自末廣公學校（今進學國小）畢業後，與兄長一起處理廟方事務與導覽工作，繼承了父親的衣缽。當他年僅16入選府展、受到媒體採訪時，提及自己原本對繪畫並不感興趣，但由於每日不斷見到來到孔廟的寫生者，久而久之也開始嘗試將廟宇環境作為繪畫的題材。首度出品的〈從文昌閣眺望的風景〉即是如此，且該作是在友人的慫恿下花費兩天時間創作而成。此後，方昭然以孔廟一處充當畫室，持續創作相關題材，另於1939年赴日，進入鈴木千久馬開設的繪畫研究所進修，同年入選臺陽美展。戰後，方昭然任教於光華女中（今光華高中）與臺南美國學校（今不存），積極參與畫壇活動如省展、南部展等。1966年開始定居日本，1979年歸化為日本籍，依然創作不輟。