圓山別莊是日治時期大稻埕茶商陳朝駿所建，始建於日據時期大正2年（1913年），翌年建造完成。別莊的興建與變遷過程和陳朝駿家族經營茶葉有密切關連。陳朝駿養父陳玉露於光緒年間從事茶葉貿易，先至爪哇與友人合資開設義裕茶行，後在台北大稻埕朝陽街獨資設立永裕茶行，而後陳朝駿於明治33年（光緒26年，1900年）接管永裕號事業。經過1910至1920年代，因陳朝駿傑出的商才，將企業推向高峰，擁有極高社會地位。受近代商業文化影響，當時有交際社會名流以提升其家族聲望之需要，聘請日本建築師建造圓山別莊。在建築類型上可以歸類於近郊賓客接待型別莊，是仿英國都鐸時期半木結構建築，規模與日本神戶的洋人館相似。當時因陳氏在大稻埕另有商行、工場與宅邸，圓山別莊成為陳朝駿接待茶商公會重要會員及其他紳商的社交場所，著名人士如民國胡漢民曾暫居於此；同時孫中山在東京組中華革命黨時曾由吳文秀引導來台，在此籌款。當時此處亦是陳氏家族其他成員暫居之所。別莊佔地極廣，隔著基隆河與臺灣神社遙遙相對，隔著敕使道路（今中山北路）與圓山公園、動物園、陸軍墓地、護國禪寺等公共設施為鄰。除了由通往臺灣神社的敕使道進入正門外，後門通往基隆河畔，可由水路抵達大稻埕。但由於大正12年（1923年）陳朝駿遽逝和家族的不團結，再加上世界性經濟危機等因素影響，致使企業倒閉，圓山別莊便易手王姓人家所有。至日據末期因敕使道路拓寬為40公尺，致使圓山別莊花園原有面積縮小，車庫也於此時拆除。嗣後此地為日本憲兵隊行刑隊徵用，北側圍牆增設一水井，引進基隆河之水以關閉犯人，今尚留下北側地窖遺跡。光復後為黃國書居住使用，同時圓山別莊南側增建兩幢建築物，將原本花架部份改成鋼筋混凝土構造，並將原本半戶外空間改成室內。後因韓戰爆發，圓山別莊附近一帶成為駐防美軍眷屬住宅區，故此棟建築出租作為藝品館展售使用，民國64年（1975年）因美軍撤防後，藝品館沒落，生意蕭條而無人居住，直至民國68年（1979年）因興建美術館由台北市政府暫時管理，於民國71年（1982年）核定為紀念性建築，由公園路燈管理處保護並進行整修，民國76年（1987年）移交美術館管理使用後，成立美術家聯誼中心作為藝文界活動場所，並於民國79年（1990年）美術館編列預算以為建築物及環境整修工作。民國87年（1998年）由臺北市政府民政局指定為市定古蹟，圓山別莊從此成為臺北市民生活的記憶。