施公祠及萬軍井位於天后宮東側中央街，施公祠原稱「施將軍廟」，本祠原位於媽宮澳東街與海壇館為鄰(今衛生福利部澎湖醫院東側急診大樓處)。原創建於清康熙23 (1684)年，施琅受封靖海侯後所建的生祠。道光12 (1832)年後，因入祀海壇殉職官兵木主，乃易名為施公祠。道光23 (1843)年由海壇右營戎澎兵丁捐餉銀重修，並立碑記載。 「道光癸卯年花月　施公祠重修海壇右營戎澎各隊目兵丁等四百二十八名共捐餉銀壹百二十八兩四錢正董事海壇劉印元成另捐餉銀貳拾兩正海壇各伙房長仝公立」日治大正3 (1914)年原館舍拆除興建澎湖島病院。施公祠與海壇館乃一同遷入原海壇標兵伙房處共祀(現址)。 施琅，福建省泉州府晉江縣人，曾為南明鄭芝龍、鄭成功父子的部將，後來因隙恨轉向降清。清康熙元年 (1662)擢升為福建水師提督，康熙22 (1683)年施琅率水師攻打澎湖，與鄭氏守軍於澎湖海戰，鄭軍守將劉國軒戰敗後由吼門遁逃。鄭成功孫鄭克塽隨即降清，並被封為漢軍公。施琅因征台有功清廷封為靖海侯，施琅派兵進駐澎湖後，清廷准予施琅於澎湖收取澎民之船等規費每年1200兩，做為私人經費。至乾隆2 (1737)年4月25日，內閣奉上諭：「朕查閩省澎湖地係海中孤島，並無田地可耕，附島居民，咸置小艇捕魚，以糊其口。其年提臣施烺倚勢霸佔，立為獨行，每年得規禮一二○○兩。行家任意苛求漁人多受剝削，頗為沿海窮民之苦果。著總督郝玉麟宣朕諭旨，永行禁革…。」自此澎湖島居民使脫離施琅的苛捐之苦。 施公祠由高聳的院墻與左右間仔和正廳所構成，進入院門後即為中庭，左右兩房為間仔，正廳前有一開敞的拜庭。正廳屋頂為燕尾式屋脊，兩旁間仔是單脊硬山式馬背，整體建築形式屬澎湖傳統的合院格局。祠院除了前排中間紅臉的神像是施琅外，後排中供奉媽祖，左邊為玉帝爺，右邊為海山城隍爺及范、謝將軍。西邊案桌供奉道光12 (1832)年赴台平定「張丙之亂」殉職的海壇鎮鏢楊高陞及澎湖水師高清河等官兵的神位，祠內有「寰海皆春」古匾，由道光15 (1835)年澎湖水師副將詹功顯所題。天井西側牆上嵌有兩塊古碑，一是道光22 (1842)年間的兩任澎湖通判玉庚及王廷幹仝立的「大媽宮天后娘娘香油公□碑」，另一是道光23 (1843)年「施公祠重修」古碑。 民國74 (1985)年11月27日公告為縣定古蹟，民國91 (2002)年1月25日修復至民國93 (2004)年5月21日竣工。 但清康熙21(1682)年施琅率軍駐紮福建莆田的平海準備攻擊澎湖之際，即教播媽祖庇佑，湧泉濟師之語來振奮軍心。雍正13 (1735)年澎湖廳通判周于仁撰《澎湖志略》，將平海的神跡傳說附會到澎湖之上：「按天后即媽祖，康熙二十三年六月靖海侯施琅奉命征鄭克塽，取澎湖；入廟拜謁，見神衣半濕，始知實默佑之。又師苦無水，琅禱於神，井湧甘泉，數萬師汲之不竭。今其井尚存，名曰大井。及行，恍見神兵導引；至鹿耳門，水漲數信，戰艦得徑入，賊驚奔潰。琅上其事，奉昭加封天后。雍正四年，奉旨賜「神昭海表」匾額。雍正十二年，余請於上憲，與關帝廟春秋祭祀，俱取之正供云」。固此民間就此位於澎湖天后宮東側的井稱為「大井」又稱之為「萬軍井」、「師泉井」迄今。 萬軍井位於天后宮東側，施公祠斜對面巷內，依1622年荷蘭艦隊司令官《雷雨生日誌》記載，荷人抵澎後於小廟旁(媽祖宮、天后宮)水井取水。文中提到的廟旁水井應是萬軍井。依此記載此井開鑿年代與天后宮應屬同一時期。