1684年（清康熙二十五年）5月27日施琅力陳保有臺灣之重要性，以福建省的水陸駐軍來治理管轄臺灣，其任務主要為海防外禍、避免臺灣社會動盪等，且顧及臺灣地理考量，故以福建水陸各營兵丁來臺駐防。 班兵制度在明永樂年間已經存在，由大陸內地駐軍輪番戍邊，稱之「邊班」或稱「班兵」，清代沿用其制度，規定赴任官兵的家屬禁止同行，依三年一輪調的方式來臺防守，並禁止在臺灣招募兵丁，須由大陸內地派員補充，即清代「臺灣班兵制度」。海壇（舊名稱為海山）、澎湖及南澳是大陸掌控臺灣海峽的三大軍事要地，海壇島又因地形如壇，名為平壇島，東方隔臺灣海峽與新竹相望，距新竹僅68浬，是大陸最靠近臺灣的一個島嶼。 兩岸班兵往返配渡的港口，初期只限在廈門及鹿耳門（安平），水陸班兵抵臺後，未分發駐防前或三年期滿返回原地，其未上船前都須有地方暫宿、膳食，駐防安平的水師班兵也需有地方可供集會、休閒，因此為了兵隊集中等候船期及分發，來臺各部兵隊紛紛在安平興建同鄉會館，以供官兵臨時棲宿場所。 「海山館」即海壇鎮標班兵為解決上述等需求而建設的公共建築，且兵丁仍依賴家鄉神明的庇祐，常流連於有祀奉家鄉神明的廟宇附近或就近以廟為家，故班兵會集資購買土地或民房將其新建或改建為廟館用，並經上級水師協鎮長官（副將）的指示設置。海山館的建立已難考證，以「班兵制」看，為1686年（清康熙二十七年）後建館；以1768年（清乾隆三十三年）的「重建烽火館碑」為安平五會館之一，於1736年（清乾隆元年）已出現；以澎湖馬公的海山館初建年代來看，同乾隆元年間。 自古海壇就被海盜及倭寇所盤據，戚繼光將軍、鄭經部將朱天貴曾於此作戰或驅逐倭寇。海壇歷來為兵家爭奪之地，征戰不已，而設有海壇標巡駐守。臺灣實施班兵制度之後，海壇鎮標班兵被派至臺灣輪戍，在安平及澎湖都建有海山館。