萬福庵原係鄭氏時期鄭成功部將阮駿的府邸。阮駿，浙江會稽人，因善於水戰，敢為鄭氏所器重拔擢，掌管水師，常率船攻破敵艦，每逢海上交戰時，敵人均聞其名而心生畏懼。明永曆10年（西元1858年）阮駿鎮守舟山，誤中敵計，陣亡海中。到明永曆15年（西元1661年）鄭成功來台驅荷。三年後，阮駿夫人與明宗室後裔、遺老等隨鄭經來臺，定居於府治鎮北坊寧靜王府一元子園後，以頌經禮佛、吃齋修行終其一生。逝世後，大家將真居所改為「阮夫人寺」，清嘉慶11年（西元1806年）重修，改稱「萬福庵」。民國61年，因改建為二樓式的新式廟宇，所以不列入古蹟，原來供奉的阮駿與阮夫人神位，則移至右側廂房。唯庵前的照牆，因係原建築物，具有保存價值。廟內尚保存著清道光22年（西元1842年）「感應昭誠」匾一方，清嘉慶8年（西元1803年），以及林朝英所題的三塊匾額等都是重要的歷史文物。