相傳康熙年間，先民來臺時，經不住海上浪濤洶湧，於是自中國福建省湄洲祖廟恭請媽祖金身護船來臺，於二林地區上岸，並興建媽祖廟，供奉媽祖聖像。二林仁和宮主祀天上聖母，創建於康熙62年（西元1721年），其間迭經改建，乾隆47年（西元1782年）或有修建，其時該宮座北朝南，廟宇位於二林街的中心，為商鋪林立之處，前方面臨雙港、清溪的匯流，廟後為新庄的丘陵地，形成一個「背山面河」的風水寶地。 　　 嘉慶12年（西元1807年）廟貌剝落，地方耆老士紳倡議擴建，增加後殿，變成三進式廟宇。嘉慶14年（西元1809年）因分類械鬥，蔡牽事件而停工。至嘉慶19年（西元1814年）由洪培源、洪光霞等奔走努力，復襄斯舉，嘉慶20年（西元1815年）其功告成，經此增建，二林仁和宮始成今日規模。 明治42年（西元1909年）與大正6年（西元1917年）廟緣左右遭祝融之災，但都倖免大難。大正13年（西元1924年）由於廟貌傾頹，由庄長林炳爐、董事洪宗珍等地方士紳再度發起重修，此次距離嘉慶年間的重修，已逾百餘年。此次重修，除了結合二林地區四庄信士捐款外，並得到林本源會社及鹿港大和行辜顯榮的捐款參與。此次的重修，因廟宇面臨街衢，廟地低窪，遂將廟宇後退數尺，正殿增建耳門，擴增天井的空間，廟外左右兩旁各留四尺做為通道，並將廟宇屋簷增高，大正14年（西元1925年）6月完工，奠定今日廟貌。 　　 二戰後以來，歷年既久，廟貌剝落殆甚，民國50年（西元1961年）在眾人謀籌修復改作，並成立重修委員會，於同年底完成。今廟內可見之聯匾楹柱，多出自當時名師及文人手筆，皆是當代墨寶。民國74年（西元1985年）經內政部公告為第三級古蹟，民國86年（西元1997年）<<文化資產保存法>>修訂後指定為縣定古蹟，民國89年（2000）由彰化縣政府主持修復，至民國91年（西元2002年）8月完成，民國92年（西元2003年）舉行祈福安座儀式。