鹿港於乾隆49年（西元1784年）正式開港，與中國泉州蚶江對渡，成為清時第二個大港。地藏王廟位於昔稱菜園之地，北接車圍、南聯寺口、西側為鹿港溪、東側為大眾爺塚。由於鹿港溪至菜園側已無航運功能，故地藏王廟雖與港溝很近，但關係並不密切。隨著通商頻繁，漢人入居而請來地藏王菩薩，該信仰因而普及民間。鹿港地藏王廟最初的建廟歷史，傳說為康熙2年（西元1663年）建，原為一座草廬小廟，但迄今尚未發現足以佐證的文獻。依現存於鹿港天后宮的「重修鹿溪聖母宮碑記」記載，嘉慶20年（西元1815年）八郊及地方士紳重修鹿港天后宮時，並以部分捐銀重修地藏王廟，此次修繕共計花費壹千貳佰餘元，現今廟宇的基本格局即為當時重建的原型。光緒4年（西元1878年）地藏王廟曾重修，廟內現仍保存光緒4年的「天竺尊嚴」匾。 據「重修鹿溪聖母宮碑記」可知，地藏王廟作為閣港廟，其事務與鹿港郊商關聯甚深。碑文記載聖母廟、地藏王廟、大眾廟的收支均由紳商管理，因此不僅收骨骸、施棺木、置義塚是鹿港官紳施善教化事業的內容之一，地方宮廟的經營亦為支撐其教化事業的礎石。其中，鹿港地區之大眾廟與地藏王廟皆與收遺骸、置義塚有密切關聯；對紳商而言，無論基於公共衛生需求，或基於個人精神層面「積陰德、種福田」的信念，進一步介入與民眾心理關係緊密的信仰生活，都有其必要性。此外，施善教化事業最終有助於鹿港地區社會秩序的穩定，因此紳商參與地藏王廟與大眾廟的修築也是自然之事。 明治29年（西元1896年）日本政府設國語傳習所於此，因此有鹿港新教育發源地之稱，明治30年（西元1897年）才將國語傳習所遷至彰化孔子廟。二戰後，地藏王廟曾於民國49年（西元1960年）重修神房與正殿，民國60年（西元1971年）再修兩廊，並聘請鹿港書法家施文炳、施招澤等人於木屏揮毫，增添廟宇的文風。民國74年（西元1985年）經內政部公告為第三級古蹟，民國86年（西元1997年）隨<<文化資產保存法>>修正後，依法改列為縣定古蹟。民國88年（西元1999年）由政府撥款修復並於同年開工，期間歷經九二一地震而停工，至民國92年（西元2003年）才又復工，民國93年（西元2004年）完成廟宇的修復，並於同年舉行入火安座大典與三天的水陸法會。民國105年（西元2016年）因地藏王廟彩繪、石地板與外牆陸續龜裂，遂進行修復規劃，於民國112年（西元2023年）進行彩繪修復工作。