寶藏寺位在芬園鄉社口南端的進芬村，昔日與鹿港龍山寺、花壇虎山巖、社頭清水巖、南投碧山巖，並稱為中部「三巖二寺」。寺中正殿目前主祀觀音佛祖，後殿配祀天上聖母（媽祖）與玉皇大帝。 　　 寶藏寺建寺時間眾說紛紜，依據寺廟內碑文記載，最早可追溯至清康熙初期。《寶藏寺重修碑》記載：「本寺康熙初期中國福建省泉州人士由嘉義帶神符來此，威靈顯赫，當地士紳許炎光提倡興建」。據寺方管理委員會口述，寶藏寺草創年代約為康熙11年（西元1672年），草創時僅為一間小寺。康熙27年（西元1688年）增建前殿，此時寺廟格局已大致形成今日廟貌雛形。 　　 另傳雍正元年（西元1723年）芬園地區發生瘟疫，適逢鹿港天后宮媽祖遶境經過寶藏寺，暫駐期間為當地居民治病，使疫情得以紓解。遂於雍正11年（西元1733年）再由仕紳許炎光捐地倡建前殿，寶藏寺正式建寺，同年三月入火安座，祭祀觀世音菩薩以及自鹿港天后宮迎來的聖母神像。後於乾隆50年（西元1785年）進行修繕與重建。道光28年（西元1848年）廟宇因地震而日益頹圮，由當時廩生唐憲榮，與首事江成春、黃玉池、張成堂、張成業、張永藥、張永勇、林媽愿、何明德等人倡議修建，各界響應而共捐銀1,429圓，修復工程於道光30年（西元1850年）冬完成。 　　 光緒11年（西元1885年）由張金赤捐獻廟後山地，陳樂山倡議再次整修。日治時期，明治31年（西元1898年）、大正8年（西元1919年）、昭和13年（西元1938年）也曾局部重修。二戰後，民國52年（西元1963年）張龍池倡議，並由地方人士協助增建寺後凌霄寶殿，奉祀玉皇大帝；民國58年（西元1969年）寺旁增建忠義祠，供奉「貓羅溪西」勇士牌位。民國60年（西元1971年）因正殿屋頂坍崩，全寺依原樣重修，並於民國63年（西元1974年）完竣，此次修建增設牆面雕刻、龍柱及屋脊剪黏等裝飾，形成今日所見寺廟風貌。民國72年（西元1983年）修建右護龍，後於民國74年（西元1985年）經內政部公告為第三級古蹟；民國76年（西元1987年）再進行左護龍整修。直至民國84年（西元1995年）寺廟再度進行修復工程，民國86年（西元1997年）隨<<文化資產保存法>>修正後，依法改列為縣定古蹟。其後因民國88年（西元1999年）九二一地震受損，另辦理地震受損改善工程，於民國89年（西元2000年）完成修復。民國100年（西元2011年）後殿屋頂因地震受損，進行修復工程；民國107年至民國108年（西元2018年至西元2019年）亦有整修及修復紀錄。