1996年8月賀伯颱風造成嚴重淹水災情和居民抗爭之下，瓦磘溝的整治成為政府急迫解決的問題。

雖然水患的治本之道在於降低河流沿岸的開發強度、還地予河川，才能根本解決1980年代將瓦磘溝沿岸腹地原有的農地填高、開發為停車用地之後患；然而土地問題緩不濟急，亦引發加蓋與反加蓋之辯。在瓦磘溝觀光運河促進會提出的明溝整治構想勝出後，便需先從水患整治著手，解決在地居民困擾已久的淹水問題，才有可能設想瓦磘溝的美好願景。

於是，臺北縣政府請省政府住都處協助辦理以排水為主的整治工程，而其中最重要的，便是東支流的分流工程，在景平路、景平路278巷（原經建新村支流）以及大仁街西側（原海巡署支流），地下埋設3.0公尺×3.6公尺的矩形箱涵，並於瓦磘溝內設置水門。平時水流仍可正常沿瓦磘溝經瓦磘抽水站排入新店溪，暴雨時則以水門將洪水導引至箱涵中，由東端的秀山抽水站將水排入新店溪。如此一來，瓦磘溝上游南、北支流的水，便能提前分洪，減少瓦磘溝主流的負荷，使瓦磘溝本身在排水能力仍然有限下，不致因流量過多而造成沿岸淹水災情。

除了分洪工程外，容易淹水的智光里週邊增設抽水站（永和1號、2號、3號和大勇抽水站），以及在地勢更低、更下游的勝利路新建瓦磘抽水站、取代原本位於中山路二段3巷的舊抽水站（藉此與智光里之間有更大的高度落差，以便透過重力排水），以及溝底疏濬等配套工程亦如火如荼的進行。如今，瓦磘溝已鮮少傳出如往年那樣慘烈的淹水災情，顯示長年治水已有成效。