瓦磘溝海巡署支流源於中和區秀峰里臺北自來水事業處中和加壓站附近的尖山山麓，此一帶過去曾為低濕沼澤地，當地山泉水、雨水匯集成小溪。過去永豐圳尚通水時，由於此地接近永豐圳尖山隧道北口（位於今中和加壓站與海巡署停車場間），有一說認為圳道（位於今秀峰街103巷5弄）在汛期過多溢出的水亦可補充此支流水源。
海巡署支流自該處沿今日海巡署金馬澎分署北側圍牆向西，至中和青年住宅（原保警總隊第二大隊址）後方轉向西北。
海巡署支流自該處沿今日海巡署金馬澎分署北側圍牆向西，至中和青年住宅（原保警總隊第二大隊址）後方轉向西北。
青年住宅後方開放空間，有多處大型很深的排水孔，下方仍可看見海巡署支流的水流。
海巡署支流沿著青年住宅基地西側下方往西北方流，此處可看見左側民宅的污水管道直接向下連通至被蓋住的海巡署支流。
此一景平路與景德街間的低窪巷弄，是海巡署支流加蓋後的遺跡。
通過青年住宅後，海巡署支流原先流路，係再沿景德街51巷下方通過住宅區，穿過今天的景平路，向北流入大勇街、大仁街間街廓。此一景平路以北的街廓，在1955年公布之最早的都市計畫（中和鄉都市計畫案）中尚為規劃綠地，1973年因應中永和分治而新提出的中和都市計畫案中則將此地改為住宅用地迄今，目前已密布公寓建築。
因為海巡署支流通過而遺留的帶狀公有地，成為兩側公寓住宅間的間隔。
大仁街19巷水溝通過處的正下方，大致就是海巡署支流的位置。此處可見到明顯高低落差。
海巡署支流最終於大仁街水門（大勇橋上游約20公尺）匯入瓦磘溝南支流。此一天然支流同時也是秀峰里與秀士里間、秀水里與秀明里間的行政邊界。
海巡署支流（圖中涵管）匯入南支流處，大仁街水門位於圖片右側未入境處。
海巡署支流水流原本主要流入瓦磘溝；1998年時為解決瓦磘溝智光商職附近淹水問題，興建截水分流工程後，本支流景平路以南、以及南支流大仁街水門上游的水流，透過關閉大仁街水門與秀山抽水站，於豪大雨時將洪水攔截沿景平路地下箱涵抽排至新店溪，減輕瓦磘溝負擔。
