鳳山縣埤頭街的新城（今高雄市鳳山區），因為是位居於台南府城、屏東平原間的交通孔道，所以商旅貿易非常繁榮，即使在左營舊城的石城建好之後，居民們也因為已經習慣新城，而失去搬遷的意願。同時，當時的新城人口曾經達到八千戶之多，反觀舊城則只有五百戶左右。
而且舊城因為考量軍事用途，城內用的井只有兩口，一到下雨期間，龜山上的泥水傾瀉而下，城內泥濘不堪，埤頭街縣署的仕紳都不願搬入。接著，又得知建城的知縣杜紹祁急病去世，使居民紛紛認為舊縣城「煞氣太重」，是個不祥之地。即使左營城遷城的承辦者原先規劃希望遷移回舊城，但官民卻都拒絕搬遷，最後只空留一座氣派的石城，並且從此荒廢。不過，舊城卻也因此因禍得福，在日治時期以後，反而意外而且較為完整地被保存下來。