日治時代初期，左營舊城還保有原來的樣子，只有都市規劃時道路的改變，但後來施行軍事南進政策，1938年（昭和13年），日軍將原名叫「萬丹仔港」的左營港擴建為軍港，而且在後勁地區設置了第六海軍煉油廠。為了保護左營軍港，居制高點位置的舊城及龜山，在1940年（昭和15年）時，被畫為軍區，將原本舊城範圍內的左營庄役所、寺廟、舊城教會及居民全部強制遷出，導致城內文物無法保存。
戰後政府延續日治時期規畫，還是把舊城的北門、東門及龜山畫為軍事管制區，並在城內設置海光三村、勝利新村與東自助新村三處眷村。直到1985年，內政部公告將東門、南門、北門及城牆、護城濠還有北門外的鎮福社以及拱辰井等，定為一級古蹟。現在左營舊城的外觀是在1991年3月重新修復。