南光國小前身為埔里公學校（即現今埔里國小）梅子腳分教室，創立於1935年，收女子及低年級的學童，1936年獨立為埔里南公學校，草水政友擔任首任校長，1941年改稱為埔里南國民學校，從原分教室遷移至中正路現今校址。
第二次世界大戰後校名改為埔里第二國民學校，1953年設立復興分班，原麒麟分班獨立為麒麟國民學校，1954年校名改稱為南光國民學校，學區擴大為東門、杷城、枇杷、同聲、水頭等5里，1968年實施九年國民教育，校名改稱為南光國民小學。
南光國小是埔里地區規模第二大的學校，鼎盛時期學生班級數達52班，師生數超過2000人，以籃球、棒球、兒童美術等學校特色而聞名，籃球隊在2019年曾晉級全國前八強，近年來受到埔里商圈、住宅區轉移的影響，南光國小學生數甚至超過埔里國小，2018年已是南投縣學生人數最多的大校。(328)