醒靈寺到現在仍定期舉行「扶鸞」儀式，是埔里頗有名氣的鸞堂信仰寺廟之一。「扶鸞」又稱「扶乩」，在鸞堂信仰中是很重要的儀式，跟一般所知的神明附身、手持鯊魚劍的乩童（武乩），是完全不同的系統。
「鸞」，是古代傳說中的一種神鳥，似鳳凰，能傳遞上天訊息。扶鸞時所用的桃枝筆稱鸞筆，因此「扶鸞」有「扶著鸞筆寫出神明旨意」的意思。扶鸞是一種人與神靈溝通的書寫儀式，也稱「降筆會」。方式是用丫字型的桃枝，將神靈所指示的文句，一字字書寫在沙盤上，所以可想而知，要有寫的人，識得天書的人，把字唱念出來的人，記錄的人，這些，都由鸞生擔任，且各有職稱。扶鸞都有固定日，因為要集合諸鸞生到齊才能進行，醒靈寺的定期日是逢三，每逢農曆三、十三、二十三日會進行扶鸞儀式，（埔里育化堂是逢七），這定期日也稱為「乩日」。
每到乩日時，神壇前面桌上會擺放扶鸞需要的用品，鸞筆、沙盤、紙張等，鸞生須穿禮服才可入正殿內進行儀式。過程大致是先請神，然後降筆，在沙盤書寫，唱念神明詩文，紀錄，最後送神。(426)