醒靈寺不是佛寺，也不同於一般道教寺廟，它是一間鸞堂信仰的道教寺廟。鸞堂教派屬於「儒宗神教」，鸞堂是指聖堂、善堂，以弘揚儒道教化，勸世勸善為主，日治時期與助人戒鴉片毒癮關係密切，多供奉三恩主或五恩主，主要供奉的是恩主公關聖帝君。在埔里有好幾間廟宇以堂號為名的，如懷善堂、育化堂、醒覺堂、良顯堂，還有醒靈寺前身叫解化堂、醒化堂等，都是鸞堂信仰的寺廟。醒靈寺雖也有進行一般廟宇消災、點燈、安太歲、普渡、神明聖誕、三獻醮等活動，但與其他道教寺廟最主要的不同是，醒靈寺有扶鸞定期會，會以扶鸞的方式撰寫勸世詩文善書。扶鸞儀式是由廟裡的鸞生進行，鸞生是神明的學生，因鸞堂宣揚的是儒教，因此鸞生穿著如儒生，誦經或進行儀式時著素色儒服（禮服），醒靈寺的鸞生儒服是深藍色長袍，就像古代的讀書人。(337)