流經原生植物園東側的曹公圳，原來是灌溉用水圳，沿圳形成了許多埤塘。而在原生植物園裡首創的「曹公圳景觀改善區」，藉由這些埤塘設計出多元的人造濕地，改善區內分為水質淨化實驗區、臺灣原生水生植物教材區、紅樹林展示區，以及近水植物區。用最接近大自然的生態工法建造，結合了高低起伏的地型和舊時曹公圳原有的水渠，讓曹公圳不再只是一條水溝，而是運用水流的優勢，設計呈現出多樣的水棲生態，打造出猶如大自然生態縮影的風貌。 現在高雄市內的曹公圳水道，大多因為時代變遷土地不再耕作，而被填平消失，或是成為排水溝或下水道。曹公圳中的曹公新圳，當時流經今日的仁武八卦寮、後勁，再折往西南向經過左營、洲仔、凹子底、內惟，園區旁的這條大水溝，就是曹公新圳延伸到洲仔附近的主幹線。