原生植物園中的溪流生態區非常特別，它不只是一般的生態水池，而是專門製造激流效果，用來增加水中容氧量的設計，在河道兩側也佈滿多孔隙的自然景石和卵石，用來創造多孔隙的棲地，河道中栽植許多挺水、浮水植物，讓這些植物的根、莖、葉等成為微生物、昆蟲以及水鳥的棲息場所。 目前園區內多種臺灣原生植物的植栽，都是最能表現高雄特色的原生樹種，以景觀式手法設計，把高雄的歷史與人文因素融合在其中，像是有一百八十年歷史的曹公圳，就完全納入整理景觀設計以及園區的灌溉系統，也使生態與休憩的功能非常巧妙地結合在一起，提供高雄市的居民一個找回高雄原始真實自然原貌的機會。 而原生植物園的建置與植物的復育，形成良好的棲地，也因此讓候鳥多了可以歇腳的中繼站。