原生植物園中的水生植物區，是沿著曹公圳支流建造，生態池中有不少的鯽魚和金鯉，游戲於水生植物間。整個工程的進行，是採用生態工法，利用自然石材及木材等建造，將減少生態破壞作為原則。 園區裡，設置有入口廣場、教育解說中心、景觀改善區、教學及民俗植物區、生態觀察步道、植物文學步道等，希望達到臺灣原生植物研究、教育、遊憩及保育等四大功能，是高雄市解說功能較完備的都會型植物公園。尤其園區裡的紅樹林區、水生植物區、南部低海拔植物區、珊瑚礁區、海岸林區等，完全是集結自然生態的縮影，讓居住於都會區的人們，不需要真的跑到山上、海邊，就可以很容易地看到自然的原生植物。此外，除了臺灣欒樹、臺灣蘇鐵等常見的樹種外，園內也有許多平地少見的臺灣植物，讓民眾們在都市中就可以學習和觀賞到不同的植物。