清水祖師是淡水重要民間信仰，坊間流傳許多祖師爺神像落腳淡水的故事。

淡水的清水祖師神像，最早侍奉於鄉紳翁姓人家家中，光緒10年（1884）清法滬尾戰役，民間相傳祖師公顯靈致勝，威靈遠播。地方鄉紳奔走建廟，最終於崎仔頂擇定風水寶地，於民國20年代（1930年代）落成。 

民國50年代（1960年代），祖師廟重新整修，擴建廟埕周邊欄杆、階梯，成為今日規模（圖片中影像）。因為在高處，當年周邊並無高大建築，從廟埕望出，大屯山、觀音山皆目視所及。祖師廟面向兩山交會的淡水河關渡口，更是吸納台北盆地水源精華，固為淡水風水絕佳之境。近年雖被鄰近建物阻擋視線，但淡水民間祖師公信仰仍持續不墜。