昭和16年（1941年），芎林公學校改制為「芎林國民學校」，校旗的旗面樣式也隨之改變：「芎林國民學校」字體仍採用白色字體，使用白色顏料套字模書寫；旗面中央紋飾採用複合式設計，黃色部分為三劍紋，有三劍齊發之意，用繡線綿密縫製而成；白色雲斗狀的紋飾，稱為「巴字紋」，雙股的巴字紋意思為閃電，以白色染料套圖模繪製；中間黃色花紋框由原本的山櫻花紋，改為八重櫻花紋；而中間由原本的小篆「學」字，隨改制改為圓體「芎」字。