民國35年（1946年）芎林國民學校在臺灣光復後，重新設計的新校徽，以區別日治時期第一代與第二代校徽。旗徽左右有翅膀狀長短三色（青白紅），但此幅青色變水藍色，而紅色變橘色（與底色紅色作區別），均有白色框線，往內位置有三片稻葉，與芎林當地農業連結，中間為合併上下箭頭設計，顏色為內黃底外紅框設計，「芎」字為紅色楷書字體，校徽頂端有三個白點，新校徽沿用至民國88年。此幅校旗上方書有中文「新竹縣芎林國民小學」及英文「CYONGLIN ELEMENTARY SCHOOL」，旗面保存現況良好。