1984六月中旬，李仲生身體不適，16日住進彰化基督教醫院，住院期間曾面示吳昊等籌組基金會，7月6日轉到榮總台中分院，門生輪流看護。7月21日下午2時40分，李仲生終因肝硬化及大腸癌逝世，享年73歲。門生及彰化女中同事組成治喪委員會。於彰化女中召開財團法人李仲生現代繪畫文教基金會籌備會議。9月1日，時報出版公司出版《現代繪畫先驅李仲生》紀念集。9月9日，台北市立美術館舉行追思會，同時舉辦「李仲生紀念展」，展期自9月9日至12月26日。9月28日至10月7日，「李仲生特展」於台北春之藝廊，展出小品水彩素描。10月13日至10月28日，「李仲生先生遺作展」，於台中名門畫廊展出。198511月2日至11月17日，「李仲生先生遺作展」，於彰化縣立文化中心展出。11月16日至12月6日，「李仲生遺作紀念展」，於香港中華文化促進中心展出。10月29日，教育部台社字第47851號函通過財團法人李仲生現代繪畫文教基金會設立許可，12月11日台北地方法院完成登記。198611月12日，於台北主婦之店召開第一次董事會議。董事：吳昊謝玉英黃潤色鐘俊雄許輝煌詹學富王慶成程武昌李錫奇金哲夫蘇瑞屏郭振昌梁奕焚監察人：張河澄沈國樑朱武順董事長：吳昊祕書長：詹學富19882月，基金會董事會議通過十二萬元獎助蕭瓊瑞研究論文│「中國美術現代化運動在戰後台灣之發展」（1991年該論文加上《五月與東方》標題，東大圖書公司出版成書）。1989主辦第一屆「李仲生基金會現代繪畫獎」。成就獎│蕭勤。創作獎│陳幸婉。於台北福華飯店舉行頒獎典禮，文建會郭主委主持頒獎。1990支持誠品畫廊舉辦「當代畫家素描展」，2月15日展至3月31日，八幅李仲生素描參與展出。19911月，伯亞出版公司與本會合作出版《李仲生畫集》，該書亦榮獲當年行政院新聞局主辦傑出出版品之金鼎獎。