木柵禮拜堂的建立，為必麒麟為馬雅各接紹兩位木柵平埔族女性Niu及Ngauh-a作為幫手，因此吸引平埔族人前往臺灣府就醫，同治9年（1870）3月馬雅各醫生因應木柵地區平埔族對基督教的好奇而拜訪，馬雅各於此早晚做禮拜，並醫治村落的疾病，掀起改信基督教的風潮，後更決定興建可容納300人的禮拜堂，並將土地以每年1元租給教會，後於同治9年（1870）4月完工。另一說，為同治7年（1868）設立完工，也可得知木柵教會設立後，設有學校，提供木柵的平埔族人教育。1871年湯姆生一行人在南臺灣的旅行回程中，再度回到木柵禮拜堂並於此地休息，馬雅各醫生雖然生病，仍進行相關傳教工作。