木柵禮拜堂的建立，為必麒麟為馬雅各介紹兩位木柵平埔族女性Niu及Ngauh-a作為幫手，因此吸引平埔族人前往臺灣府就醫，同治9年（1870）3月馬雅各醫生因應木柵地區平埔族對基督教的好奇而拜訪，馬雅各於此早晚做禮拜，並醫治村落的疾病，掀起改信基督教的風潮，後更決定興建可容納300人的禮拜堂，並將土地以每年1元租給教會，後於同治9年（1870）4月完工。另一說，為同治7年（1868）設立完工。木柵禮拜堂為湯姆生進行南福爾摩沙之旅中的過夜處之一，湯姆生也以禮拜堂為背景，拍攝木柵平埔族男女老少的各角度肖像照，呈現其外表、服飾之樣貌。湯姆生於木柵禮拜堂所拍攝的照片，收藏於英國威爾康圖書館（Wellcome Library ），典藏編號為L0055961、 L0056715、 L0056711、 L0056719、 L0056189、 L0056457、 L0056459、L0056485、 L0056453、V0037228 。另，部分照片也為李仙得的《臺灣紀行》（Notes of travel in Formosa）及王雅倫《法國珍藏早期臺灣影像：攝影與歷史的對話》一書所收錄。