1871年4月1日晚上，湯姆生與馬雅各醫生從廈門搭乘福爾摩沙號前往臺灣，並於4月2日清晨船隻便經過澎湖附近海域。當時海風從北面強勁吹襲，湯姆生不得不回到臥鋪內，船隻應當是經過位臺灣與澎湖群島間的澎湖水道，為臺灣海峽水流最湍急的地方，海流複雜，海象惡劣，早期臺灣移民渡臺的航道之一，由於海域水色深暗，渡臺先民亦稱之為「黑水溝」，參考清代《續修臺灣縣志》中對黑水溝的記載：「黑水溝有二：其在澎湖之西者，廣可八十餘里，為澎廈分界處，水黑如墨，名曰大洋，其在澎湖之東者，廣亦八十餘里，則為臺、澎分界處，名曰小洋，小洋水比大洋更黑，其深無底．大洋風靜時尚可寄椗，小洋則不可寄椗；其險過於大洋」，可見湯姆生經過澎湖後，船身搖晃，感到暈船，應是剛好位於海流複雜的小洋，其危險程度超過大洋。