咸豐五年是福林堂建立的關鍵時代，先天派李昌晉由福建渡海來台佈教，收徒弟黃玉階，是日治時期齋教的重要領袖，以「家宅兼作佛堂」，福林堂於是成為先天派的齋堂，黃素蓮為首任堂主。台灣齋堂的確具有家庭式佛堂的特色，因其宗教法脈常與家族血脈結合，由家族傳承堂主職務與堂產。其高壽逝世後，由孫女李氏善治繼任第二任堂主，直到1940年病故。黃玉階、黃監兄弟皆為齋教內地位崇高之領袖人物，先天派在此期鼎盛，成為戰後台灣齋教最具活動力的教派。福林堂雖未保有主堂地位，但因交通位置及先師淵源，仍於信徒網絡中占一席之地。第三代堂主曾目，是當時十位住眾中唯一男性，改變福林堂堂主女性相承的傳統。1953年他帶領福林堂加入中國佛教會，但堂內祭祀仍維持先天派規矩，並未佛教化。戰後台灣大陸斷絕往來，黃監去逝，群龍無首，曾目被舉為代辦，為先天派付出不少心力。後為其養女繼任堂主，第四任堂主姊妹對福林堂最大的貢獻之一，及擴大齋堂腹地，繼任主持完成建築更新，目前已從傳統閩南宅院的齋堂成為典型佛教寺院建築。第四代堂主姊妹對福林堂最關鍵的改變，在空門化，受中國佛教影響後，齋姑們陸續剃髮為尼。現是以帶人修行拜佛念經的實修路線道場。