旗後礮臺平面呈「目」字形分為前(北)、中、後(南)區域；北區包含主要營門、操場及兵房。營門闢在東牆中央，兩旁皆有兵房，操場居中四周皆有兵房圍繞。整座砲台中區為較高的平台，中央有一條槽溝形的通道貫穿南北，主要貫穿南區與北區；平台中央劃分成東西兩部分，也各自有階梯出入。在空間組織方面，砲台中區為地勢較高，北區次之。基本上繼承著十九世紀西洋砲台的傳統格局，外圈為高牆圍繞，內圈為營舍兵房及避彈空間，核心區域則為凹陷的空地，做為平時操練之場所。

在北區營門左右兩邊皆為兵房，操練場的後牆內皆是兵房，北區共26間兵房；砲台兵房的佈置屬北操場入口兩側房間較小，可能為庫房或是守夜者使用，東面為北操場的左護龍，傳統習俗稱為大邊，有些兵房附帶後室，推測可能為位階較高之軍官住房，正對營門前有三兵房連成一室，有如民宅正身。兵房屋頂建材是密集的大樑和很厚的鐵水泥鋪成的，可防砲彈攻擊。