旗後礮臺平面呈「目」字形分為前(北)、中、後(南)區域；南區為礮臺(座)區，礮座沿西、南、東三面佈置，大砲位置為西牆一尊，旁邊有弧形屋頂小屋一間，南牆配礮座二尊，其旁邊亦有囤頂小屋，東牆同西牆配置一般。

旗後礮臺配置南操場(後操場)主要為操砲區，北邊及南邊每尊大砲附有兩間儲藏室或兵房，共有八間，西邊則有一間，因日據時期被鑿開成通道，但西元1994年整修時將它恢復為兵房，但仍保留一條通道，南操場區共有十五間空間。空間分為儲藏室，放置砲彈及有關機械，彈藥庫通常位於礮座區下方，並有孔道連通，使砲座與砲彈間供需管道順暢便捷，在東面有祭祀房，房內放置供桌一座，而旁邊空間於修復時清理積土發現土中所帶油質較濃並且發現有瓷碗片出土，據推測可能為當年廚房所用之地。觀測所是作戰時用來計算大砲角度與落點的地方，位於高處的平臺及礮座附近。指揮所是礮臺的指揮中心，設在礮臺中央，為獨立的房舍。