旗後礮臺西邊安置兩尊大砲，南北邊各安置一尊共四尊。每座大砲旁邊都附設醫療兼指揮所及機具庫，存放大砲有關之零件，以備操砲時使用。目前典藏於台北的英製阿姆斯脫郎型大砲（清朝文書寫為阿姆斯脫朗）的口徑尺寸，據文獻記載比旗後礮臺所用者小。

西元1884年（光緒十年）劉璈在臺灣南部加強防務，對打狗的砲台又加修建，加築砲台圍牆並增築一小砲台於旗桿處。於西元1886年（光緒十二年）劉銘傳任台灣巡撫，聘僱德國洋匠工程師鮑恩斯修改南半部砲台區砲座，並向英國英商怡和洋行議購置阿姆斯脫朗鋼鐵後膛砲三十一尊及加農砲若干尊，分配給各砲台，計費銀六十四萬九千餘兩，其中旗後礮臺獲配後膛砲四尊。西元1894年(光緒二十年)）甲午戰爭爆發，打狗奉命加強海上防衛，於是購置新型大砲一批，分別架設於港區四周。

現況的砲座剩半圓形石塊，原上為鋪設設軌道，可架大砲之鐵輪，因日治時期後太平洋戰爭所需，將旗後礮臺之大砲拆走並熔毀製作軍器。