自2000年4月，總統陳水扁先生頒佈《離島建設條例》，其中第十八條離島試辦與大陸通航， 有此法源依據，縣府即積極著手規劃，並廣徵民意，完成《與大陸地區通航規劃及建議書》長達三萬字，其中就「除罪化」與「操之在我」部份，向中央反應及爭取，以落實通航之利民政策。其間涵蓋一島一港口、人貨中轉以及放寬幅度等範圍。 為配合首航及排除不確定的變數，推動媽祖平安進香團作為直航第一任務。由於台馬鄉親支持，各方的配合以及馬祖境天后宮廟宇管理委員會的精心周密策劃，2001年1月2日啟航至5日賦歸，整個過程及成果，彰顯鄉親凝聚沛然的團結力量，也繳出了一張亮麗的首航成績單。 四天三夜的首航大陸行程，湄洲島民眾夾道歡迎，長達二公里，迎神陣頭浩蕩，歡迎布聯四處飛舞，在祭祖媽祖祈福大興，依古禮儀式，並擺出千人陣容，莊嚴隆重，藉由兩岸共同宗教信仰，拉近了彼此的距離，消弭關閉半世紀隔閡。 在拜會行程中，會晤大陸福建省台辦相關人員及大陸連江縣長，就兩縣的經貿文化交流、兩岸海事合作以及相關事務性工作進行初步協商，以期建立對口溝通機制。