2002年10月26日凌晨，北竿塘岐水部尚書公府遭火災付之一炬。廟方在災後短短的一個多月即投入復建整修工作。由於整建經費龐大，廟方除向社友募集外，也獲得縣府補助進行重建修復。2003年1月23日，尚書公府重建落成，上午7時起，由法師舉行一系列的開光點眼工作，在吉時吉刻正式開廟門，完成神像安座儀式，殿堂外由信徒社友供滿各式供品敬神謝天，看到廟宇又恢復往日香火鼎盛的狀況，廟委會成員、信徒及觀禮民眾都十分高興感動，南竿天后宮廟宇委員會也專程派人前來表達祝賀之意。 重建後的尚書公府加強了內外照明設施，神龕的裝飾也比以前更加莊嚴，殿堂內安座神明依舊繼續擔任保鄉護境的重責大任。