根據2006年6月4、10日馬祖日報報導，2006年的颱風讓馬祖南竿仁愛村（舊稱鐵板境）大王宮的建築半倒，原有土牆全毀。廟委會全體委員（多為鐵板社區發展協會的成員）集資重建，於隔年7月開始施工，從中國大陸取得建材，以保持原貌的方式重建廟宇，本來遇水易坍的土牆改為石砌，其餘不變。除了重建廟宇，廟委會也在大王宮入口以及周邊的進行造景工作。至於廟中有700年歷史的「林酉才石碑」則在重建時暫時取出安置，重建完成後再移入廟內中庭單獨立於廟埕，以示對這塊馬祖最早的有紀年的文物的重視。