戰地政務時期，軍民日用品需求大，避免商貿被壟斷，馬祖戰地政務委員會訂頒〈馬祖地區商民採購物資實施辦法〉，准許地區商民在管制之統籌供應物資外，自行申請赴臺採購民生物資;故馬祖物資處主要負責重要民生物資為統購物資，其餘物資鼓勵商人申請採購證自行進口。早期代售物資有糙米、麵粉、黃豆油、砂糖、塊煤、火柴、臺灣菸酒、汽油、煤油、柴油、水泥、鋼筋等;現購物資有糯米、蓬來米、汽水、飼料原料、液化石油氣、沙拉油、洋菸等各項民生物資。解嚴後，台灣菸酒、汽油、柴油仍由物資處管制，其餘民間可進口。民國91年，裁撤單位，原本代管中油南竿加油站由連江縣政府接管，港務處業務回歸原本單位。 儲運工作，由駐臺作業組負責在臺提領物資，協調商船載運。運達物資，由兵工或民伕卸運進庫堆儲。並由倉管人員依倉庫管理規則，先進先銷，以保物資新鮮。過去實施離島分儲，黃豆油、砂糖、臺灣菸酒、塊煤、火柴、煤油、柴油等由物資處分處分別囤儲，戰備米糧則是各村囤儲。早期民眾須透過村公所向軍方購買戰備米，戰備米都厲行「先進先出」政策，米糧需先存放三年才可推出，戰備米糧因為氣候潮濕發霉產生黃麴毒素，導致早期的居民罹患肝癌案例較多。