1956年（民國45年）開始施行戰地政務，1957年（民國46年）連江縣農會成立，地方政府成立農業改良場，農業復興委員會更大力協助馬祖發展農畜業。 馬祖畜牧業主要由東引農改場（前身為東引苗圃）其中之畜牧股為主要負責單位，主要業務內容引進優良牲畜品種繁殖推廣，補助興建禽畜舍，指導飼養技術及疫病防治與診療工作，提高育成率，肉豬、毛雞及雞蛋共同運銷等業務。 馬祖的畜牧產業主要分為肉雞及雞蛋、肉豬、肉牛為三大主要銷售項目畜牧業鼎盛時期，1990年間，每月生產雞蛋9萬3000粒，約可供應防區60％之需求。主要補助則由農復會及蒙雜糧基金會補助，1991年間，種豬繁殖場、母豬分娩舍及肉豬舍興建完成，並另外興建牛舍，放牧肉牛。飼料場則更早在1974年間，由農復會補助興建。1992年戰地政務終止，軍民分治後，由於防區各部隊均成立副食品供應中心，從台灣進口冷凍雞肉、豬肉等副食品，致使地區畜牧業無以為繼，並在政府精簡組織，裁撤東引農改分場畜產股，也使畜牧產業逐漸走向歷史。