1996年（民國85年）6月4日，馬祖連江航業公司自連江縣公共車船管理處（簡稱車船管理處）分出，獨立經營承辦各項業務，並向經濟部立案，連江縣政府持股99.6% ，縣內四個鄉公所各持股0.1%，由縣府監督，附屬於連江縣公共車船管理處。負責全縣海上船舶經營業務，營業項目包含船舶運送、船舶代理、小船經營等三項。成立之初，由連江縣縣長曹常順兼任董事長，車船管理處處長姚醒吾兼任總經理。歷任董事長為曹常順、劉立群、陳寶官、曹以雄、曹昇華、歐陽台生、林德建、與侯全寶（107年11月9日就任至今）。