1996年(民國85年)6月4日,馬祖連江航業公司自連江縣公共車船管理處(簡稱車船管理處)分出,獨立經營承辦各項業務,並向經濟部立案,連江縣政府持股99.6% ,縣內四個鄉公所各持股0.1%,由縣府監督,附屬於連江縣公共車船管理處。負責全縣海上船舶經營業務,營業項目包含船舶運送、船舶代理、小船經營等三項。成立之初,由連江縣縣長曹常順兼任董事長,車船管理處處長姚醒吾兼任總經理。歷任董事長為曹常順、劉立群、陳寶官、曹以雄、曹昇華、歐陽台生、林德建、與侯全寶(107年11月9日就任至今)。
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