1969年（民國58年）分別由國防部、台灣電力公司、馬祖戰地政務委員會出資籌組「馬祖發電廠籌備委員會」推動建廠。1974年，為統一馬祖各電廠事權，將南竿馬祖發電廠、東引發電廠、及興建中之北竿發電廠歸併，隸屬馬祖電力公司統籌經營，隸屬馬祖戰地政務委員會管轄。 馬祖各發電廠皆靠柴油發電，離島運輸費工，發電成本遠較臺灣為高。油價一旦波動電價勢須反應成本，歷年調整漲多跌少。1988到1989年改採分段收費及軍方用電外調降讓馬祖地區電費首度大幅調降。1991年，馬祖電力公司與臺灣電力公司訂定委託協議書，將全部業務委託臺電公司管理，自7月1日生效，為期五年。1991年，馬電公司宣布採用臺電季節收費標準，電價再度調降，至此馬祖地區電費與臺灣完全相同。1997年，行政院核定併入台灣電力公司，更名為「台灣電力公司馬祖區營業處」。馬祖列島各電廠皆為獨立發電系統，既有機組老舊，故障率高，備載容量不足，即擬定〈馬祖電力十年發展計畫〉，配合連江縣綜合建設計畫方案，進行發供電設備擴充。