1952年，馬祖行政公署開始成立各區級（島）漁業服務分會，南竿島最早設在福澳嶺附近，以理事會為最高執行機構，民國45年戰地政務初期，重整社團組織，成立首個縣級人民團體，並以「連江縣漁會之名」遷址至山隴廣場舊址。 馬祖漁會早期在中國農村復興聯合委員會支援下，大力推動馬祖漁船機械化，此舉與地方漁業設備建設使地區漁業邁向現代化，同時也協助戰地政務政策的施行，包括擔任講師定期舉辦講習班、成立漁民保險及漁民合作社、地區學生保送學生前往台灣水產專業學校，後期隨著漁場資源轉變及海洋漁業技術的進步，1992年戰地政務解除後，更名為「馬祖區漁會」，目前馬祖漁會也將業務逐漸發展出淺海養殖、精緻休閒漁業的發展等業務。