小紫澳水庫建於恩愛山與三甲桶間之灣澳為軍用水庫，附設簡易淨水廠一座。其後因小紫澳水庫壩基滲漏嚴重，東引指揮部已移交自來水廠東引服務所接管，以爭取經費整建。2005年12月，斥資新臺幣465萬元，完成燕秀水井等三個抽水系統及小紫澳蓄水池，將蓄水抽回淨水廠統一調配運用，減輕東湧水庫供水壓力，東引鄉除小紫澳水庫為軍用水庫，尚有東湧水庫、中央水站、東澳水庫三座軍方水庫。2016年，小紫澳水庫進行防漏改善，因附近山坡地風化情況明顯，土讓受到大雨沖刷易崩落，防漏工程未改善附近地質鬆軟，增建排水溝渠。