南竿儲水澳水庫於南竿馬祖村南邊公路上方之峽谷，為天然積水。1984年6月由馬祖防衛司令部第九任司令官程邦治開闢，與津沙水庫相繼完成。興建之初，水庫壩長83公尺，高22公尺，年儲水量36,000噸。1985年7月底，儲水澳淨水廠完工。1995年6月15日，擴建完成儲水澳水廠工程。本庫為混凝土重力壩，壩頂長105公尺、寬5公尺，標高58公尺，最大壩身高23.5公尺，集水面積38.7公頃，總蓄水量43,000噸。2004年11月，測量水庫有效容量45,000噸，現以40HP抽水機取水至儲水澳淨水廠。